L'analyse du microbiote

Il a fallu attendre le début du XXIème siècle et le développement des technologies de séquençage haut débit pour mieux étudier et comprendre notre microbiote intestinal.

Il est apparu qu’à l’instar de l’empreinte digitale, le microbiote intestinal est propre à chaque individu. Il est unique sur le plan qualitatif et quantitatif. 

Notre microbiote constitue une sorte de carte d’identité microbienne. Celle-ci dépend en grande partie de la grossesse, du mode d’accouchement, du type d’allaitement et de la diversification alimentaire mise en place avant nos 3 ans ainsi que de la prise d’antibiotiques durant cette période.

Par la suite, l’environnement au sens large joue un rôle important dans l’équilibre de l’écosystème intestinal : alimentation, pollution, médicaments, sommeil, stress, activité physique, …

Et même si notre microbiote est unique, les études scientifiques s’étant multipliées, les chercheurs ont tout de même réussi à établir une cartographie du microbiote intestinal de l’adulte. Schématiquement, il se compose de 4 grandes familles bactériennes (les phyla) qui s’affrontent pour obtenir la totalité du territoire ! Ces sont les Firmicutes, les Bacteroidetes, les Actinobacteria et les Proteobacteria.

A elles-seules les bactéries Firmicutes et Bacteroidetes représentent 90% du microbiote intestinal. Chez une personne en pleine santé, la part des Proteobacteria est assez faible (de l’ordre de 4,5 à 5%) ; la proportion augmentant chez les personnes souffrant de troubles métaboliques, de troubles inflammatoires ou de troubles digestifs par exemple.

Selon les affections rencontrées, il peut donc être intéressant de faire une analyse de son microbiote intestinal. La « photographie » peut donner des indications sur les espèces hébergées et ainsi permettre de repeupler notre microbiote en y invitant de nouvelles « bonnes » bactéries afin d’optimiser et favoriser un meilleur écosystème intestinal pour une meilleure santé.

L’analyse du microbiote est donc, dans certaines situations, complémentaire à la prise en charge micronutritionnelle.

Elle peut également être réalisée au titre de « photographie » de départ notamment pour les personnes désireuses de suivre l’évolution de leur état de santé au fil du temps. Les études semblent par exemple montrer qu’une dysbiose intestinale pourrait précéder l’apparition clinique de maladies chroniques telles que le diabète de type 2.